Геолого-палеонтологічний музей є одним з небагатьох подібних музеїв в Україні, які організовані в педагогічних вищих навчальних закладах. Експозиції музею включають в себе всі структурні розділи геології: «Кристалографія», «Мінерали та гірські породи», «Історія розвитку Землі та органічного світу». Загальна кількість наявних експонатів представлена 1500 зразками. Фондові матеріали складають більше 3,5 тисяч примірників і широко застосовуються в навчальному процесі. Викладачами кафедри розроблено 19 тематичних колекцій мінералів, гірських порід та викопних решток організмів до практичних занять з дисциплін «Геологія з навчальною практикою», «Геологія з основами геоморфології». За матеріалами навчальних практик організована експозиція «Маршрутами практик», проведена робота по створенню експозиції «Мінеральні багатства Запорізького краю». На базі фондових матеріалів музею виконуються наукові роботи студентів, які знайшли відображення в курсових, дипломних та магістерських дослідженнях. Поповнення експозиційного та фондового матеріалу відбувається за рахунок виїзних польових практик в Крим, Північно-Західне Приазов’я, Карпатський регіон, Причорномор’я як з географічних дисциплін, так і історичних. Музей є доброю запорукою у профорієнтаційній роботі для майбутніх географів та істориків серед шкіл міста, району та області. Щорічно в музеї проводяться тематичні екскурсії для школярів: «Історичний розвиток органічного світу», «Речовинний склад земної кори», «Палеоклімати Землі та органічний світ», «Світ мінералів» та ін. Матеріал є прекрасним доповненням до уроків  з усіх курсів географії. Постійний зв’язок підтримується з педагогічним ліцеєм «Творчість» – це і екскурсії для ліцеїстів, майбутніх студентів нашого університету, і консультації для викладачів. Вчителям географії Мелітопольського, Вільнянського, Якимівського, Токмацького районів надаються консультації для підготовки учнів до предметної олімпіади з географії (методика визначення мінералів та гірських порід).